《表4 COX1基因密码子的使用偏好性》

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《基于线粒体COX1基因的蚕蛾类系统发育分析》

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注：F：苯丙氨酸；L：亮氨酸；I：异亮氨酸；M：甲硫氨酸；V：缬氨酸；D：天冬氨酸；E：谷氨酸；C：半胱氨酸；W：色氨酸；R：精氨酸；G：甘氨酸；S：丝氨酸；P：脯氨酸；T：苏氨酸；Y：酪氨酸；A：丙氨酸；H：组氨酸；Q：谷氨酰胺；N：天冬酰胺；K：赖氨酸；*：无义密码子（终

利用MEGA6软件计算蚕蛾类COX1基因序列的密码子使用偏好性（表4) ，RSCU值表示同义密码子相对使用率（relative synonymous codon usage），当密码子的RSCU值为1时，表明无使用偏好；当RSCU值在1以上，表明有明显的密码子使用偏好性，反之则无明显偏好[16]。由表4可知，16种蚕蛾类的COX1基因序列表达时，有26个密码子有明显地使用偏好性，无明显偏好性的密码子有37个。其中，RSCU值在3以上，即在编码氨基酸的时候，主要被使用的密码子有编码亮氨酸（L）的UUA、编码丝氨酸（S）的UCU、编码精氨酸（R）的CGA以及编码甘氨酸（G）的GGA，其中，密码子UUA的RSCU值最高，达到了4.19。RSCU值为0，即在编码氨基酸时不被使用的密码子有编码丝氨酸（S）的UCG、终止密码子（*）UAA及UAG、编码谷氨酰胺（Q）的CAG、编码半胱氨酸（C）的UGC、编码精氨酸（R）的CGC、编码丝氨酸（S）的AGG。由此可以看出，蚕蛾类昆虫COX1基因的密码子具有很强的使用偏好性。