《表1 CodonW程序分析Eg AQPs基因家族成员存在偏好性的密码子》

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《细粒棘球绦虫水通道蛋白基因家族成员密码子偏好性分析》


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注:*:密码子选用偏好性弱;**:密码子选用偏好性强;TER:终止密码子;下划线:RSCU值大于1

分析EgAQPs基因同义密码子相对使用程度(relative synonymous codon usage,RSCU),编码同一个氨基酸的密码子并非每一个都得到均衡使用,在使用过程中产生的不均衡性即RSCU。对获得的EgAQPs基因RSCU值进行分析(表1),结果表明谷氨酸(Glu)的GAG、苯丙氨酸(Phe)的UUC,及酪氨酸(Tyr)的UAC共3个密码子在EgAQPs基因家族成员中的RSCU值均大于1,表明该密码子为使用次数较多的密码子;异亮氨酸(Ile)的AUA、酪氨酸(Tyr)的UAU共2个密码子的RSCU值均小于1,代表该密码子为使用次数较少的密码子;而甲硫氨酸(Met)的AUG和色氨酸(Trp)的UGG这两个密码子的RS-CU均等于1,表明其不具有偏好性;EgAQPs基因在终止密码子的选用上则偏好UAA。