《表1 大白菜PUP家族基因成员基因组信息和蛋白特征分析》

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《大白菜PUP基因家族的生物信息学分析》

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根据模式植物拟南芥PUP蛋白的氨基酸序列，对大白菜数据库进行BLAST P搜索比对，在大白菜基因组中共鉴定到24个PUP基因家族成员，并参考拟南芥同源基因对大白菜PUP基因家族进行命名。如表1所示，这24个PUP基因的开放阅读框长度在321~2 385bp，编码的氨基酸序列长度为106~795aa，相应的蛋白质分子量在11.1~97.5kDa。其中BrPUP21-1的开放阅读框长度最长，而BrPUP5-2的开放阅读框长度最短，只有321bp，编码106aa，明显比家族其它成员短，推测该基因不是一个完整的基因或者是无功能的基因。等电点（pI）在4.99~9.69。根据Target P软件对PUP蛋白亚细胞定位的预测表明PUP蛋白均定位在细胞质膜上。进一步对这24个PUP家族成员通过TMHMM 2.0软件预测了其跨膜结构，结果表明BrPUP家族成员不仅有多个跨膜结构，而且跨膜结构的数量也是比较保守的。BrPUP5-2只预测到了1个跨膜结构，BrPUP5-1、BrPUP6和BrPUP15预测到了9个跨膜结构，BrP-UP14-1预测到了12个跨膜结构，其余19个成员均预测到了10个跨膜结构，说明BrPUPs是一类典型的跨膜蛋白，这与上述对大白菜PUP蛋白在细胞质膜上的亚细胞定位结果也是一致的。