《表1 全基因组水平鉴定的AP2/ERF以及ERF家族成员及其蛋白特征》

《表1 全基因组水平鉴定的AP2/ERF以及ERF家族成员及其蛋白特征》   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
本系列图表出处文件名:随高清版一同展现
《梨ERF超家族全基因组鉴定及表达分析》


  1. 获取 高清版本忘记账户?点击这里登录
  1. 下载图表忘记账户?点击这里登录

以西洋梨ERF基因家族氨基酸序列为特征,建立了梨ERF蛋白HMM模型。通过HMMsearch搜索,从白梨全基因组序列中筛选到了255个候选ERF因子。通过保守结构域的分析和人工校正,排除32个AP2/ERF家族成员,共鉴定出211个ERF家族成员(表1)。对每个ERF家族成员的蛋白分子量,等电点以及亲疏水性进行检测(ExPASy),同时对其亚细胞定位进行预测(SherLoc2),结果表明鉴定的因子均符合ERF蛋白的特征。与Li等(2018)相比,新鉴定出46个ERF成员。分子量变异范围较大,在11.3~139 kD范围内,最大的蛋白为Pbr002023.1.p1,编码了1 237个氨基酸。等电点4.3~12.57。亚细胞定位预测,鉴定的ERF因子绝大部分为核定位,符合转录因子的特征。但鉴定的ERF中,有5个还定位于叶绿体,10个定位于线粒体(表1),预示着他们还有特殊的功能。