《表1 全基因组水平鉴定的AP2/ERF以及ERF家族成员及其蛋白特征》
以西洋梨ERF基因家族氨基酸序列为特征,建立了梨ERF蛋白HMM模型。通过HMMsearch搜索,从白梨全基因组序列中筛选到了255个候选ERF因子。通过保守结构域的分析和人工校正,排除32个AP2/ERF家族成员,共鉴定出211个ERF家族成员(表1)。对每个ERF家族成员的蛋白分子量,等电点以及亲疏水性进行检测(ExPASy),同时对其亚细胞定位进行预测(SherLoc2),结果表明鉴定的因子均符合ERF蛋白的特征。与Li等(2018)相比,新鉴定出46个ERF成员。分子量变异范围较大,在11.3~139 kD范围内,最大的蛋白为Pbr002023.1.p1,编码了1 237个氨基酸。等电点4.3~12.57。亚细胞定位预测,鉴定的ERF因子绝大部分为核定位,符合转录因子的特征。但鉴定的ERF中,有5个还定位于叶绿体,10个定位于线粒体(表1),预示着他们还有特殊的功能。
图表编号 | XD0059008600 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.06.28 |
作者 | 钟必凤、邓家林、李文贵、张全军 |
绘制单位 | 四川省农业科学院园艺研究所农业部西南地区园艺作物生物学及种质创制重点实验室、四川省农业科学院园艺研究所农业部西南地区园艺作物生物学及种质创制重点实验室、四川省农业科学院园艺研究所农业部西南地区园艺作物生物学及种质创制重点实验室、四川省农业科学院园艺研究所农业部西南地区园艺作物生物学及种质创制重点实验室 |
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