《表2 胡萝卜叶绿体基因组密码子偏好性各项参数相关性分析》

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《胡萝卜(Daucus carota var. sativa)密码子偏好性及属内质体基因组核苷酸多样性分析》

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53条CDS序列中，31条CDS以‘TAA’作为终止密码子，11条CDS以‘TGA’作为终止密码子，11条以‘TAG’为终止密码子。各基因的ENC值取值范围在38.79～55.95之间，其中ENC值大于50的CDS有15条，ENC值小于40的CDS序列有4条，分别为rpl16（37.16），ndhE（38.79），rps8（37.16），petD（39.07）（表1）。相关性分析（表2）表明，ENC值与FOP、CAI、CBI具有极强的相关性（p<0.001）。根据ENC值，最终确定了高表达基因组（包括ndhE，rpl16，rps8，petD，psbA基因）和低表达基因组（ycf4，rpl2，atpE，rps11，ycf3基因），这一结果将用于对最优密码子的分析中。