《表1 胡萝卜叶绿体基因组各个基因密码子使用基本特征》

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《胡萝卜(Daucus carota var. sativa)密码子偏好性及属内质体基因组核苷酸多样性分析》

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将提取出的53条CDS序列作为整体，用在线工具CUSP和CodonW分析其密码子使用偏好性（表1）。整条序列长63 480 bp，含有21 160个密码子，总GC含量为37.86%，其中GC1为45.88%，GC2为38.27%，GC3为29.41%。在这条序列中，ATT是出现频率最高的密码子，被使用862次，TGC只出现了52次，使用频率最低。亮氨酸是所有氨基酸中总密码子数最多的，共有2 242个，而编码半胱氨酸的密码子只有220个。按密码子3位是否含有‘G’或‘C’将密码子分为8类，其中，3位皆不含‘C’或‘G’为5 344个，占总的密码子数量的25.26%；3位皆含‘G’或‘C’的密码子有1 190个，占总数的5.62%；只有一位含‘G’或‘C’的密码子最多，有8 791个，占41.55%；有2位含‘G’或‘C’的密码子有5 835个。