《表1 蒙古韭叶绿体基因组52条CDS序列密码子不同位置GC含量》

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《蒙古韭叶绿体基因组密码子使用偏好性分析》

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注:ENC:有效密码子数；GC1，GC2，GC3和GCall分别代表密码子第1位，第2位，第3位和总的GC含量

从蒙古韭叶绿体基因组中筛选出适用于密码子使用偏好性分析的52条CDS序列（表1），利用命令行软件Codon W 1.4.2和在线程序CUSP进行分析。结果表明：52条CDS序列的平均GC含量（GCall）为37.85%（范围为29.30%～43.74%），密码子不同位置的GC含量有所差异，第一位（GC1）、第二位（GC2）和第三位（GC3）的GC平均含量分别为46.55%（范围为32.50%～58.05%）、39.38%（范围为27.39%～54.68%）和27.63%（范围为18.89%～37.13%），其中GC1和GC3与GCall相差较大，GC2与其相近。GC3明显小于GC1和GC2，说明蒙古韭叶绿体基因组密码子偏好于A和U结尾。对52条CDS序列的ENC值进行统计（表1），以ENC值为35作为区分密码子偏好性强弱的标准（Wright，1990），结果显示所有基因的ENC范围为36.94～52.61，说明密码子偏好性较弱。