《表1 香蕉Aux/IAA基因家族基因编码区密码子不同位置GC含量及ENC和CAI值》

  提示：宽带有限、当前游客访问压缩模式

本系列图表出处文件名：随高清版一同展现

《香蕉Aux/IAA基因家族密码子偏好性分析》

1. 获取 高清版本忘记账户？点击这里登录

1. 下载图表忘记账户？点击这里登录

运行CodonW软件获得香蕉Aux/IAA基因家族各成员的ENC和CAI值和在线EMBOSS网站获得各成员的总GC含量以及不同位置的GC含量（表1）。香蕉Aux/IAA基因家族成员的ENC值为45.83～57.85，平均值为51.86，说明该基因家族成员之间差异较大，表达水平可能相对较低，编码氨基酸时对密码子的偏好性较弱；CAI指数为0.157～0.242，平均值为0.197，远小于1，进一步表明香蕉Aux/IAA基因家族对密码子的选择偏好性较弱；总GC含量为44.60%～64.66%，平均值为55.02%，GC1s为44.44%～70.45%，平均值为56.16%，GC2s为37.78%～51.64%，平均值为46.19%，GC3s为39.15%～81.94%，平均值为62.77%，GC1s和GC2s变化范围较小，GC3s变化范围较大，总GC含量和GC3s的平均值均大于50%，说明该家族成员编码氨基酸时使用较多的G或C，且偏向以G或C结尾（表1）。由曲俊杰等（2017，南方农业学报，48 （1）:14-19） 的研究结果得，香蕉基因组ENC平均值为50.7，全基因组总GC含量为50.4%，GC3s为52.9%，因此，香蕉Aux/IAA基因家族与香蕉基因组密码子偏好程度较为相似。