《表1 灰毛浆果楝叶绿体基因组不同位置的GC含量》

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《灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子使用特征分析》

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选择灰毛浆果楝叶绿体基因组中CDS长度大于300 bp的54个蛋白编码序列整合成一个整体进行同义密码子偏好性分析，该序列共有64 473 bp的核苷酸序列，21 491个有义密码子，其中含21 437个同义密码子。用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析该序列，得到灰毛浆果楝叶绿体基因组不同位置的GC含量（表1），在灰毛浆果楝叶绿体基因组中，密码子的平均GC含量为38.70%，3个位置上GC含量从大到小依次为GC1、GC2、GC3，含量分别为47.41%、39.74%和28.95%，可见叶绿体基因中的GC含量总体较低，且3个位置上GC含量差异较大，表现为GC3含量最低，说明在灰毛浆果楝叶绿体中，以A和T碱基结尾的密码子的使用频率高于以G和C碱基结尾的密码子。Nec作为判断密码子使用偏性的指标之一，取值范围从20到61，具体可阐释为若每个氨基酸仅用一个密码子则Nec值为20，若各同义密码子的使用机会完全均等则Nec值为61，即Nec值越小则密码子使用偏性则越大[24]；灰毛浆果楝叶绿体基因组的Nec平均值为48.09，Nec实际值介于34.60～61.00，Nec值大于45的基因有39个，说明该叶绿体基因组的密码子使用偏性非随机选择，且偏性较弱。