《表5 近无柄雅榕叶绿体基因组密码子使用率》

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《浙江近无柄雅榕古树叶绿体基因组特征分析》

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叶绿体基因组的蛋白编码基因共包含53 430个密码子，其中编码亮氨酸（Leu）的密码子最多，有5471个（占10.24%）；其次为丝氨酸（Ser）和异亮氨酸（Ile），分别为4957个（占9.28%）和4946个（占9.26%）；编码色氨酸（Trp）的密码子最少，仅672个（占1.26%）。在3个终止密码子中，UAA使用最频繁，其数量占终止密码子总数的43.33%；UGA的数量占终止密码子总数的32.84%；UAG的数量占终止密码子总数的23.83%。同义密码子相对使用度（RSCU）指某个密码子在编码对应氨基酸的同义密码子中出现的相对概率，在进行密码子编好性分析时可去除氨基酸组成的影响。RSCU>1表示该密码子为偏好密码子，RSCU<1表示该密码子使用率较低，RSCU=1表示该密码子没有偏好性（见表5）。近无柄雅榕叶绿体基因组的密码子偏好使用A/T碱基，其中第一个、第二个和第三个碱基为A/T碱基的密码子分别占密码子总数的64.53%、63.50%和64.35%。