《表3 密码子在胡萝卜叶绿体基因组中高表达和低表达基因组的分布情况》

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《胡萝卜(Daucus carota var. sativa)密码子偏好性及属内质体基因组核苷酸多样性分析》

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注:加下划线的密码子为最优密码子

胡萝卜叶绿体基因组高表达基因的CDS序列全长2 664 bp，其中‘A’出现754次，占28.3%；‘C’出现485次，占总长度的18.2%；‘G’出现551次，占20.7%；‘T’出现874次，占32.8%。低表达基因的CDS序列长2 706 bp，其中‘A’出现837次，占全长的30.9%；‘C’出现494次，占15.3%；‘G’出现648次，占23.9%；‘T’出现727次，占26.9%，说明高表达组中‘T’的使用频率更高，而在低表达组中‘A’的使用频率更高。在高表达组中，共有30种密码子的RSCU值大于1，其中有5个密码子的RSCU值大于2。这些密码子中，RSCU值最高的为编码甘氨酸的GGU，除了UUG以外，其他均以‘A’或‘T’结尾，其中16种密码子以‘U’结尾，13种密码子以‘A’结尾。低表达组拥有31种RSCU值大于1的密码子。除终止密码子以外，最终CUU、UUU等18个密码子被确定为各氨基酸的最优密码子（表3）。