《表1 落叶松‐杨栅锈菌所有基因及高、低表达基因同义密码子的使用频率》

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《落叶松-杨栅锈菌基因组密码子使用偏好分析》

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注：加粗代表高频密码子；*代表最优密码子

落叶松‐杨栅锈菌平均有效密码子数（ENC）为54.90，14 650个基因中只有130个呈现出很强的密码子偏好性（ENC<35）。落叶松‐杨栅锈菌基因组的平均GC含量是41.00%(Duplessis et al.2011），密码子的平均GC含量是43.71%，第1位、第2位、第3位的GC含量分别是50.48%、42.14%及38.52%，表明落叶松‐杨栅锈菌密码子的简并位点上可能更倾向使用A或者T。64个密码子中共有26个密码子的RSCU值大于1，因此确定这26个密码子是落叶松‐杨栅锈菌的高频密码子，其中23个都是以A或者T为第3位碱基（表1）。对落叶松‐杨栅锈菌基因进行高、低表达基因的RSCU值比较，共筛选出24个最优密码子，其中17个密码子的第3位都是G或者C（表1）。