《表1 苋菜AtPAL基因的密码子偏好性》

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《苋菜AtPAL基因密码子偏好性分析》

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注:下划线表示RSCU值>1。

通过codonW软件和CUSP在线程序分析得到苋菜AtPAL基因各个密码子的RSCU值、Frequency值、Fraction值（表1），结果显示，RSCU值大于1的密码子总共有27个，说明苋菜PAL基因CDS区对这27个密码子具有一定的使用偏好性，RSCU值大于1.5的密码子有GCT、TTG、CTT、CCT、AGA、TCA、AGC、ACT等8个，即表示苋菜PAL基因对这8个密码子具有较强的偏好性，其中编码精氨酸的AGA密码子RSCU值为最高，达到2.06，说明苋菜AtPAL基因在选择编码精氨酸的同义密码子时最偏好使用AGA密码子。另外，TTT、TTC、TGG（剔除起始密码子ATG后）等3个密码子的RSCU值为1，即说明苋菜AtPAL基因对这3个密码子没有使用的偏好性。所分析的密码子中，只有编码苏氨酸的ACG密码子RSCU值为0，其余59个密码子（剔除3个终止密码子和1个起始密码子）的RSCU值均不为0，说明苋菜AtPAL基因编码区没有使用ACG这个密码子，且在密码子的使用上偏好性较弱，与分析ENc值时所得结论一致。27个RSCU值大于1的密码子中有15个是以A/T结尾的，8个RSCU值大于1.5的密码子中有6个是以A/T结尾的，这也说明了苋菜AtPAL基因在密码子的使用上，偏好选择以A/T结尾的密码子，与前面分析GC含量时得出的结论一致。另外发现，RSCU值大的密码子其Frequency值以及Fraction值往往也较大，这也说明了密码子的Frequency值和Fraction值可在一定程度上反映出密码子使用的偏好性。