《表6'皇冠李'ALMT4、ALMT9和tDT与几种常见外源表达系统的密码子使用偏好性比较》

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《'皇冠李'苹果酸转运体基因ALMT4、ALMT9和tDT密码子偏好性分析》

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E：大肠杆菌；Sc：酵母；N：烟草；A：拟南芥；Le：番茄；F：草莓；A4:ALMT4；A9:ALMT9；t:t DT；—：无数据

密码子使用频率比值是衡量两物种密码子偏好性差异的重要参数，若比值介于0.5～2.0时意味着物种间密码子的使用偏好较一致；反之，密码子使用偏好差异较大。如表6所示，比较'皇冠李'ALMT4、ALMT9和tDT基因与几种常见异源表达物种的密码子偏好性差异，据此选择密码子偏好性相近的物种作为宿主系统更有利于目的基因的高效表达。从Codon Usage Database数据库获得大肠杆菌（由5442条CDs组合统计而来）、酵母（14411）、烟草（1534）、拟南芥（80395）、番茄（1452）及草莓（163）的基因组密码子使用频率数据，分别将'皇冠李'ALMT4、ALMT9和tDT与这6个物种的基因组密码子使用频率进行比较分析，计算密码子使用频率比值（去除色氨酸(Trp）的密码子TGG、蛋氨酸（Met）的密码子AUG及3个终止密码子UGA、UAG、UAA)。在两个常用的异源蛋白表达系统中'皇冠李'ALMT4与大肠杆菌基因组密码子使用频率差异较大的有22个密码子，与酵母基因组差异较大的有14个。'皇冠李'ALMT9与大肠杆菌基因组使用频率差异较大的密码子有26个，与酵母基因组差异较大的有18个。'皇冠李'tDT与大肠杆菌基因组密码子使用频率差异较大的密码子有26个，与酵母基因组差异较大的有23个。3个基因均与酵母基因组差异较小，说明酵母优于大肠杆菌，更适于'皇冠李'ALMT4、ALMT9和tDT的异源蛋白表达。在拟南芥、烟草、番茄等几个常见异源植物表达系统中，与'皇冠李'ALMT4密码子使用偏好差异大小次序为草莓>拟南芥>烟草>番茄；与ALMT9密码子使用偏好差异大小次序为草莓>拟南芥>烟草和番茄；与tDT密码子使用偏好差异大小次序为烟草>草莓>番茄>拟南芥，表明番茄和烟草比拟南芥和草莓更适于'皇冠李'ALMT4和ALMT9的转基因功能验证，而拟南芥和番茄则比烟草、草莓要更适于'皇冠李'tDT的转基因功能验证。