《表3'皇冠李'ALMT4、ALMT9和tDT的密码子偏好性特征参数》

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《'皇冠李'苹果酸转运体基因ALMT4、ALMT9和tDT密码子偏好性分析》

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ENC、CAI、GC、A3s、U3s、C3s、G3s、GC3s（CondonW）由CodonW程序计算获得；GC1s、GC2s、GC3s（CUSP）由CUSP程序计算获得

由表4 RSCU值和F值可知，'皇冠李'ALMT4的高频密码子有GCA、AGA、UGU、GGU、CCU、ACU、UAU、UUU、GAA、CAU、AAU、GAU；ALMT9的高频密码子有GCA、AGG、GGA、CAU、UUG、UCA、ACA、AAU、GAU、UUU、UAC；tDT的高频密码子有GCU、AGG、CGA、UGC、GAG、GGA、UUG、AGC、UCC、UAU、GAU、CAA、AAG。64个密码子里，GAA是ALMT4中出现频率（FC）最高的密码子，高达55.456‰，是平均值的3.5倍，UUU、GCA、AAA、AAG、GUU是频率次高的5个密码子，均超过30‰；除终止子外，CGC和UGC是出现频率最低的密码子，仅1.789‰，是均值的十分之一，另有16个密码子的出现频率在10‰以下；27个同义密码子的RSCU>1（去除UGG，AUG，UGA，UAG，UAA），属于ALMT4的偏好性较强的密码子，其中21个密码子以A/U结尾；RSCU≥1.5或F≥60%的密码子有GCA、AGA、UGU、GGU、CCU、ACU、UAU、UUU、GAA、CAU、AAU、GAU，这些密码子是ALMT4的高频密码子，均以A/U结尾，RSCU值最大的为AGA（RSCU=2.25），F值最大的为UGU（F=90%）。GAA和GCA是ALMT9中出现频率最高的密码子，FC=42.99‰，是平均值的2.8倍，GCA、GAA和UUG是出现频率次高的密码子（FC>30‰）；CGT、CAC、TCG、ACC是出现频率最低的密码子，仅1.869‰，是均值的十分之一，此外出现频率低于10‰的密码子还有18个；27个同义密码子的RSCU值大于1，其中21个同义密码子以A/U结尾；RSCU值≥1.5或F≥60%的密码子有GCA、AGG、GGA、CAU、UUG、UCA、ACA、AAU、GAU、UUU、UAC，这些为ALMT9的高频密码子，其中以A/U结尾的密码子有8个，占总数的80%，RSCU值最大为ACA（RSCU=2.29），F值最高为CAU（88.9%）；tDT出现频率最高的密码子为编码蛋氨酸的AUG，高达43.636‰，是平均值的2.8倍，出现频率最高的同义密码子为UUG（36.364‰），是平均值的2.3倍，出现频率高于30%密码子还有GCU、CUC、GGA；GCG、CGG、CGU、UCG是出现频率最低的密码子，仅1.818‰，是平均值的十二分之一，另有15个密码子的出现频率在10‰以下；31个同义密码子的RSCU值大于1，其中16个同义密码子以G/C结尾；RSCU值≥1.5或F≥60%的密码子有GCU、AGG、CGA、UGC、GAG、GGA、UUG、AGC、UCC、UAU、GAU、CAA、AAG，这些为tDT的高频密码子，其中以A/U结尾的密码子有6个，占46%，RSCU值最大的为AGC（RSCU=1.89），F值最高为UGC（81.8%）。