《表2 杨梅基因组SSR类型分布》

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《杨梅基因组SSR引物的开发与应用》

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基于杨梅基因组序列信息，共发掘到43 842个SSR位点，分布在623条scaffold中，发生频率为43.54%，其中含有两个及两个以上SSR位点的scaffold有427条。SSR基序重复类型为二至六核苷酸5种重复类型（表2），共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个，占总SSR的82.99%；重复单元有4种:AG/CT出现频率最高，为55.70%，其次AT/AT为37.46%，AC/GT出现频率为6.47%，CG/CG出现频率最低，为0.37%（表3）。三核苷酸SSR位点有6 115个，占13.95%；重复单元有10种，出现频率的大小顺序为:AAG/CTT（43.47%）、AAT/ATT（30.14%）、AGG/CCT（8.11%）、ATC/ATG（4.63%）、AAC/GTT（4.53%）、ACC/GGT（4.10%）、AGC/CTG（2.88%）、ACG/CGT（1.00%）、ACT/AGT（0.59%）和CCG/CGG（0.56%）（表3） 。四核苷酸SSR位点有827个，占1.89%，重复单元有31种。五核苷酸SSR位点为245个，占0.56%，重复单元有44种。六核苷酸SSR位点为272个，占0.62%，重复单元有105种。二核苷酸重复以6次重复为主，三至六核苷酸重复均以5次重复为主，且各类型的SSR位点数量随着重复次数的增多而逐渐减少（表2）。