《表2 裸花紫珠基因组SSR类型》

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《裸花紫珠基因组调研及SSR特征分析》

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对初步组装的基因组进行SSR分析。利用MISA软件对组装基因组的Scaffolds做SSR分析。采用微卫星识别工具MISA在所有序列中搜索SSR位点，总共搜索到206 049个SSR，平均3 377 bp出现1个SSR；在所有具有SSR的序列中，37 653条序列包含1个以上SSR；以复合形式存在的SSR数量为19 525个。分别对不同类型的SSR基序进行统计，单、双、三、四、五和六核苷酸重复基序分别有83 414，83 043，32 536，4 736，1 128，1 192个。分别占总重复基序数的40.48%，40.30%，15.79%，2.30%，0.55%，0.58%，其中，单、双、三核苷酸重复基序占比最高，达96.57%。以上序列涵盖了318个重复类型，包括2个单核苷酸基序、4个双核苷酸基序、10个三核苷酸基序、14个四核苷酸基序、84个五核苷酸基序和204个六核苷酸基序（表2）。随后，进一步对2～6个SSR重复基序按照序列组成进行细分，按重复类型数量排名前20展示（图3），其中2～6核苷酸重复基序中AT/AT，AAT/ATT，AGCC/CTGG，AAAAT/ATTTT，AGATAT/ATATCT的数量最多。