《表2 桑葚转录组SSR基序类型分布》

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《基于桑葚转录组测序的SSR位点分析》


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相较于其它物种,桑葚转录组SSR位点基序类型较多,共有252种类型。鱼腥草有236种SSR位点基序类型(黎晓英等,2016);茶树有181种(杨华等,2011);金钗石斛有189种(李清等,2017);膜荚黄芪只有127种(常越等,2016)。桑葚转录组SSR位点整体以单核苷酸基序类型和二核苷酸基序类型为主要类型。单核苷酸基序类型中A/T型占绝大多数;二核苷酸基序类型中AT/AT型最多;三核苷酸基序类型中AAG/CTT型最多;四核苷酸基序类型中AAAT/ATTT型最多;五核苷酸基序类型中AAAAT/ATTTT型最多;六核苷酸基序中各类型数目差异不大(表2)。