《表2 青篱柴转录组SSR各重复类型的分布特征》

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《青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析》


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由表2可知,青篱柴转录组SSR位点的种类非常丰富,从单碱基到六碱基重复均有分布,对1~6 bp的SSR重复基元类型进行统计可以看出,每个重复类型所含的数量相差很大。主要重复类型是单核苷酸,占SSR总数的47.59%,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占27.95%、23.45%,四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复的数量极少,总计占1.01%,但类型很丰富,其中四核苷酸重复基序数量高于五核苷酸、六核苷酸。从分布情况看,相应的不同重复基序长度SSR分布的平均距离差距很大,其中单核苷酸重复最多,每条SSR分布平均距离为8.36 kb,其次为三核苷酸重复,每条SSR分布的平均距离为14.23 kb,六核苷酸重复最少,每条SSR分布的平均距离为6 900.21 kb,整体上青篱柴转录组中平均每3 979 bp就含有1个SSR位点。