《表4 竹节参中高/低表达样本组的密码子用法》

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《竹节参转录组使用密码子偏好性分析》

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注:“*”代表最优密码子。

如表3所示，竹节参共有28个密码子的RSCU值大于1，说明这28个密码子可能是竹节参偏好使用的。除去Trp和Met（只有1种密码子编码）外，编码Phe、Ser、Leu、Tyr、Cys、His等氨基酸的密码子及终止密码子存在较大的偏好性，RSCU>1的密码子主要以U和A结尾。如表4所示，对竹节参基因进行高、低表达样本库比较，筛选出竹节参转录组样本的最优密码子共31个，分别是UUU、UUA、UUG、CUU、CUA、AUU、AUA、GUU、GUA、UAU、CAU、CAA、AAU、AAA、GAU、GAA、UCU、UCA、CCU、CCA、ACU、ACA、GCU、GCA、UGU、CGU、AGU、AGA、AGG、GGU、GGA，它们分别编码苯丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、酪氨酸、组氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、赖氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、丝氨酸、脯氨酸、苏氨酸、丙氨酸、半胱氨酸、精氨酸和甘氨酸共18个氨基酸，其中Arg有4个最优密码子。在这31个最优密码子中，除了UUG是以G结尾外，其他密码子均是以A或T结尾的，说明竹节参偏好使用以A/T结尾的密码子。