《表3 分子对接结合能：基于生物信息技术的荆防颗粒治疗冠状病毒感染疾病机制探析》

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《基于生物信息技术的荆防颗粒治疗冠状病毒感染疾病机制探析》

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本研究中分子对接技术旨在对网络药理学预测结果进行虚拟验证，探索荆防颗粒中的药效成分对于冠状病毒靶点的作用能力。根据“药材-成分-共有靶点”图的分析结果，选取其中度值较高的成分、靶点进行分子对接，且因COVID-19在全球大流行的现状，选取相关药物、靶点同时进行分子对接。考虑到桔梗也是荆防颗粒复方中的佐药，但代表桔梗的成分在“2.4”项中并未体现，故选取度值相对靠前的桔梗成分木犀草素（luteolin，JF36）进行分子对接。综合考量网络中成分度值大小以及成分对复方药物的覆盖度，筛选出橙皮素（JF4）、木犀草素（JF36）、β-谷甾醇（JF37）、kanzonols W(JF69）、啤酒甾醇（JF140）、防风色酮醇（JF155）、白花前胡乙素（JF177）、异鼠李素（JF179）作为分子对接成分，同时选取对冠状病毒具有抑制作用的阿比多尔、氯喹[25-26]作为对照；VEGFA、IL6、TNF、PPARγ、APP这5个靶点作为对接靶蛋白，根据现有研究结果选取SARS-CoV-2的重要靶点ACE2与3CLpro[27]。分子对接结果见表3，并选取结合效果较好的结果进行展示（图6）。图6中详细展示了成分与靶蛋白的对接情况，如图6-A中橙色部分为成分kanzonols W，与来自VEGFA的LYS-41这一氨基酸残基成功对接，二者之间的距离为2.4。结合能越低时小分子与靶蛋白的亲和力越高，当以阿比多尔、氯喹的对接结果作为参照时，大多数成分都与靶蛋白具有较好的亲和力，尤其是来自荆芥、防风、羌活、独活、前胡、川芎、枳壳、甘草的β-谷甾醇以及来自荆芥、桔梗的木犀草素与每个靶蛋白的结合能力都较强。同时，靶蛋白APP与每个成分的结合能力都较高，APP是阿尔茨海默病的关键蛋白，考虑可以进一步研究荆防颗粒能否对神经系统疾病产生治疗作用。另外发现β-谷甾醇与靶蛋白APP的亲和力高（结合能-41.84 kJ/mol），但在对接中并未形成氢键，提示稳定性可能较差，需要在分子实验中进一步验证。上述成分总体上都能与关键靶蛋白较好结合，且结合能力要强于阿比多尔和氯喹，提示荆防颗粒对冠状病毒感染性疾病尤其COVID-19可能存在治疗作用。