《表1 化橘红化学成分：基于文献分析和分子对接法探讨化橘红防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的前景》

  提示：宽带有限、当前游客访问压缩模式

本系列图表出处文件名：随高清版一同展现

《基于文献分析和分子对接法探讨化橘红防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的前景》

1. 获取 高清版本忘记账户？点击这里登录

1. 下载图表忘记账户？点击这里登录

通过中药系统药理学平台（T C M S P，http://tcmspw.com/）检索和查阅文献，共得到化橘红成分50个（表1）。从Pub Chem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov）数据库中下载其化合物结构的SDF格式。在Discovery studio 2016软件工具栏中的Minimize Ligands模块，点击Full Minimization，批量施加CHARMm力场优化小分子结构。从RCSD蛋白质数据库（https://www.rcsb.org/）下载ACE2(PDB ID:1R4L）、Mpro(PDB ID:6LU7）、LPL(PDB ID:4OVZ）和DC-SIGN(PDB ID:6GHV）晶体结构，在Discovery studio 2016软件中删去晶体结构的水分子，并通过Prepare Protein功能补全不完整残基、加氢以及分配相关电荷。ACE2、Mpro、PLP和DC-SIGN蛋白晶体复合结构中的原配体分别为XX5、N3、P85和EZ8，是相应靶蛋白的抑制剂，并与靶蛋白有很好的结合活性，选择各个靶点原配体抑制剂的结合位置作为对接活性口袋。采用LibDock模块将小分子和原配体对接到对应的蛋白结构活性口袋中，对接参数除Conformation Method设置为BEST以外，其他参数均选择默认参数，保留打分较高的对接结果，并以原配体的对接结果作为参照。