《表1 S2P类似蛋白的可能底物》

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《赤红球菌位点-2蛋白酶类似蛋白底物的筛选及其基因克隆和表达变化分析》

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S2P的底物蛋白在其跨膜区域含有保守的Asn-Pro （NP）序列，该序列在S2P的水解加工过程中至关重要（Ebinu and Yankner，2002）。本研究在Rhodococcus ruber SD3的基因组序列中找到对应的含有NP保守基序的膜蛋白序列，共760个。根据SWISSMODEL同源建模法对760个膜蛋白的三级结构进行预测，保留模型评估可靠的320个结构。利用ZDOCK在线分析工具以S2P类似蛋白为受体进行分子对接，并用排名第一的对接结果到PDBe PISA上进行相互作用面的分析。将有效的179个结果按结合自由能高低进行排序（表1）。其中结合自由能小于-70.0 kcal/mol的蛋白有11个，但是和信号转导相关的蛋白只有组氨酸激酶，它们的相互作用自由能为-73.0 kcal/mol，其中相互作用面的面积大小为5020.6魡2（图1）。氢键列表显示S2P类似蛋白和组氨酸激酶共形成23个氢键，7个盐键，不形成二硫键与共价键（图2）。为了观察S2P类似蛋白与组氨酸激酶的作用情况，用VMD 1.9.2进行分子对接（图3），并展示了S2P类似蛋白与组氨酸激酶的相互作用区域（图3）。Deng等（2018）发现了在野油菜黄单胞菌中蛋白酶prc以组氨酸激酶Vgr S为底物，切割组氨酸激酶Vgr S使之水解，导致组氨酸激酶Vgr S抑制其自身激酶活性并通过相关响应调控子（Vgr R）结合下游基因启动子的能力，从而促使该菌的渗透压抗性提高。这说明了蛋白酶与组氨酸激酶组成的信号转导系统在细菌抗逆中发挥作用可能是一些微生物具有独特生理特性的重要分子机制。