《表3 紫果西番莲SSR主要重复基元种类,数目及比例》

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《紫果西番莲基因组调查及SSR特征分析》

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应用MISA软件对3 400 636条大小1 kD以上的序列进行SSR位点搜查，共找到202 272个SSR位点，出现频率为0.115个/kb，即每8.72 kb碱基序列就出现1个SSR位点。所有SSR位点共有771种重复基元，单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸分别为4、12、60、162、212和321种，重复次数在5～94之间。SSR统计结果显示，含有不同类型核苷酸重复的SSR位点数量分别为：单核苷酸重复SSR位点123 672个（61.14%），二核苷酸重复SSR位点53 951个（26.67%），三核苷酸重复SSR18 712个（9.25%），其他类型SSR位点5 938个（2.94%）。出现频率高于6%的SSR类型有A/T （111 474，55.11%）、AT/AT （23 651，11.69%）、AG/CT （13 151，6.50%）和C/G （12 198，6.03%）（表3）。