《表4 PCR扩增产物含SSR基元重复类型统计》

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《冬虫夏草转录组SSR位点信息分析研究》

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由于SSR序列两端大多是保守的单拷贝序列[22]，因此可以设计特异性引物以便后期使用PCR技术扩增出核心微卫星DNA序列，通过电泳分析技术就可获得其SSR标记。采用Primer 3.0引物批量设计程序对5 899个SSR位点的两端序列设计引物，每条序列设计3条，共有4 094条序列设计成，获得12 282对引物，成功率为69.4%。PCR扩增产物主要是属简单重复中单碱基重复最多，有1 663个，占总数的40.62%，其次是三碱基重复和双碱基重复，分别占到37.54%，16.1%。此外，引物设计成功的SSR序列中，还有150个、3.66%的复合型重复，见表4，5。随机合成的20对SSR引物在西藏虫草、康定虫草、青海虫草中的扩增结果见图3。有19对引物扩增出条带，引物有效率为95%。有10对引物扩增出与预期相符的特异性片段，其中有1对引物P1在西藏虫草、康定虫草和青海虫草中具有显著地多态性，可见SSR引物在冬虫夏草种质资源鉴定方面具有足够的潜力。