《表4 基因关联SSR引物e-PCR扩增位点统计》

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《基于甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列的微卫星位点鉴定和SSR标记开发》

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利用MISA软件对割手密单倍体、栽培种甘蔗与高粱同源基因的全长序列中的SSR位点进行鉴定，其中分别有7887和4766个的基因包含SSR位点（表4），位点个数分别为13 708和8059个，对这些SSR位点进行引物设计，分别获得13 224和7624对SSR引物（表4）。分别以割手密基因组和甘蔗基因组高质量参考序列为模板，对获得的SSR引物进行e-PCR检测，这些引物在割手密基因组中以多位点扩增为主。其中来源于割手密基因组的13 224对SSR引物在2个基因组序列中有效扩增位点比例均为97.88%，但有效标记数差异显著，分别为10 493(79.35%）和4779(36.13%）个（表4）。来源于甘蔗基因组高质量参考序列的7624对SSR引物在2个基因组中的有效扩增位点比例分别为96.81%和99.60%，有效标记数为6024(79.01%）和7118(93.36%）个。