《表4 基因关联SSR引物e-PCR扩增位点统计》

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《基于RNA-seq数据的栽培种花生SSR位点鉴定和标记开发》

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利用一组特定基因SSR引物（5 859对），分别以A.duranensis、A.ipaensis和栽培种花生基因组为模板进行电子PCR。结果（表4）表明，栽培种花生特定基因SSR引物在A.duranensis、A.ipaensis和栽培花生基因组中都具有较高的扩增效率，在3个基因组中的有效扩增位点分别为4 468、4 929和10 188个，有效引物数分别为3 968(67.74%）、4 232(72.25%）和5 174(88.33%）对。且这些SSR引物，在栽培种花生基因组中具有更高的多态性：在A.duranensis和A.ipaensis基因组中，引物扩增位点主要以1个位点为主，在有效引物中的比例分别为93.75%和91.33%；而在栽培种花生基因组中，SSR引物扩增位点主要以2个位点为主（62.24%），其次是1个位点（28.54%），且扩增3个及以上位点的SSR引物数要显著高于A.duranensis和A.ipaensis。在所有检测的引物中，共有3 250(55.47%）对引物在3个基因组中均可有效扩增，716(12.22%）对可在A.duranensis和栽培种花生基因组中扩增，978对可在A.ipaensis和栽培种花生基因组中扩增，231(3.94%）对仅在栽培种基因组中扩增（图2）。根据SSR标记在栽培种花生基因组中的扩增情况和扩增位点信息，绘制了SSR位点物理图谱（图3）。根据QTL两端标记在基因组上的位置，利用SSR位点物理图谱，可以为QTL精细定位提供SSR标记信息。如图4所示，80个基因关联SSR标记可用于QTL qBWRB02.1的区间加密。