《表1 裂殖酵母细胞周期功能的动力学轨迹[55]》

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《生物逆向工程设计在合成生物学中的应用》

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对于可能网络库很大的这一问题，虽然随机采样的方法在一定程度上缩小了网络拓扑空间，但剩余网络数量依旧庞大，需要进一步寻找新的优化策略。已有的研究表明最小网络是具有特定生物功能且调控边数最少的网络，被认为是行使生物功能的骨架网络[52]。这启发我们利用最小网络约束这一条件来进一步减少可能网络的数量。最小网络约束的思路是：在随机采样的基础上，先根据目标功能得到每个节点对应的析取范式形式来确定网络中一定存在的调控边，然后对余下所有可能的网络进行穷举计算得到最小网络结构[55]。例如，在设计具有裂殖酵母细胞周期功能的网络研究中，由动力学轨迹（表1）可得到节点Cdc2*有逻辑表达式如式（8）。----------------------