《表1 番红花转录组测序数据》

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《基于番红花转录组的碳氮代谢基因挖掘》


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在NCBI序列片段存档数据库(Sequence Read Archive,SRA)中选取番红花(Crocus sativus L.)开花期(开花前、开花时、开花后)转录组数据(SRP056059)(Baba等2015),在高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中选取番红花球茎、萼片、叶、柱头和雄蕊组织转录组数据(SRP052616)(Jain等2016),相关信息见表1。7个番红花转录组数据组装前先进行数据过滤,即除去含接头、含N比例大于10%,以及低质量的原始读数序列(质量值Q≤20的碱基数占整个原始读数的40%以上),以获得高质量纯净读数(clean reads)数据。