《表2 种子不同萌发阶段间的差异可变剪接事件a)》

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《拟南芥种子萌发过程中差异表达基因的识别和pre-mRNA可变剪接图谱的构建》

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a)加粗的字体表示连续的种子萌发阶段

同一可变剪接事件在不同的组织、不同发育阶段的包含水平存在着显著差异.rMATS是识别差异可变剪接事件的流行工具之一.基于rMATS的输出结果识别了15组种子不同萌发阶段间的差异可变剪接事件.为保证结果的客观性，采用了较为严格的筛选阈值:FDR<0.05；|IncLevelDifference|>0.1，保证了显著差异的可变剪接事件的包含率相差10%以上.表2列举了15组种子不同萌发阶段间的各类差异可变剪接事件分布特征.可以发现，差异可变剪接事件中内含子保留占比最高，种子不同萌发阶段间的占比平均值58.83%.该数值高于各萌发阶段中内含子保留的占比平均值51.47%，表明内含子保留型差异可变剪接在种子的萌发过程中有着重要作用.相应地，可变3′剪接位点和可变5′剪接位点型差异可变剪接事件的占比（平均值17.59%和12.49%）低于各萌发阶段两类可变剪接的占比（平均值23.00和15.03%）.沿着种子萌发时间轴，可以观察到干种子经吸胀作用并开始恢复新陈代谢和细胞活性的过程中（dry seeds-germinating seeds 1）存在着数量最多的差异可变剪接，提示通过差异可变剪接可以调控同一pre-mRNA不同剪接异构体的比率，进而影响相关蛋白质的数量，最终达到调控种子萌芽的目的.另外，能够发现seeds-dry seeds间存在数量较多的差异可变剪接事件，表明种子脱水和新陈代谢休眠过程中差异可变剪接发挥着关键作用.除此之外，germinating seeds 2-germinating seeds仅识别到72个差异可变剪接事件，说明拟南芥发芽第2～3天的生长过程中，差异可变剪接事件的作用很小.