《表1 不同萌发阶段间的差异表达基因a)》

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《拟南芥种子萌发过程中差异表达基因的识别和pre-mRNA可变剪接图谱的构建》

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a)加粗的字体表示连续的种子萌发阶段.“-”标记前面的样本为DESeq2计算基因差异表达倍数时的分子，“-”标记后面的样本为DESeq2计算基因差异表达倍数时的分母

使用流行的DESeq2工具包识别dry seeds，germinating seeds 1，germinating seeds 2，germinating seeds3，young seeds，seeds共6个种子不同萌发阶段间的差异表达基因.筛选表达水平上调基因的阈值:padj<0.01且Log2FC>1，筛选表达水平下调基因的阈值:padj<0.01且Log2FC<-1，共得到15组不同萌发阶段间的上下调差异表达基因数（表1）.为更简洁地显示差异表达基因，选取young seeds-seeds为例，绘制了差异表达基因的火山图（图2）.