《表1 本研究所用引物:苹果茎痘病毒内蒙古分离物基因组序列和生物学特征研究》

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《苹果茎痘病毒内蒙古分离物基因组序列和生物学特征研究》


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注:a V=A+C+G;D=A+T+G;B=T+C+G;H=A+T+C;W=A+T;K=T+G;Y=C+T;R=A+G,b结合位点主要涉及的分离物为ACLSV(NC001409),ASGV(D14995),ASPV(AB045371;NC003462)。

参照已经公布的17个ASPV基因组序列设计了7对用于ASPV-NM全长基因组扩增引物(表1),以cDNA为模板进行PCR扩增,反应混合物为25μL(同1.3),采用SMARTerTM RACE试剂盒(Clontech,USA)扩增ASPV-NM基因组5′与3′端,操作参考说明书。PCR产物用1.0%琼脂凝胶电泳检测、回收。回收产物与pTOPO vector(Aidlab,China)连接,连接产物转入E.coli DH5α感受态细胞中(TaKaRa),均匀涂布于含50 mg·L-1 Amp的LB固体培养基上,37℃培养过夜。随机挑选白色单克隆菌落过夜摇菌培养,对PCR鉴定为阳性的菌液提取质粒,质粒中酶切结果为阳性的送上海生工生物技术有限公司进行测序,每个片段送3个阳性质粒,对测序结果采用Vector NTI Advance11软件进行校正和拼接。