《表1 本研究所用分离物的名称、株系、来源和登录号信息》

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《甘薯羽状斑驳病毒O株系和RC株系中国分离物全基因组序列分析及其遗传特征》

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利用DNAMAN软件对测序成功的基因片段进行序列拼接，利用软件MEGA 7.0将SPFMV-O-Ch1和SPFMV-RC-Ch1分离物与GenBank上登录的其他分离物（表1）进行多序列比对分析，利用邻接法（neighbor-joining，NJ）构建系统进化树，系统进化树中各分支置信度（Bootstrap）进行1 000次重复分析。基因重组分析采用Recombination Detection Program(RDP v5.3）软件，利用RDP5软件中的RDP、GENECONV、Chimaera、MaxChi、BootScan、Si Scan和3Seq 7种方法对序列进行重组分析，以P≤0.05为标准，当3种以上方法同时检测到重组时，认为其为有意义的重组事件[21-23]。