《表2 用于PCR扩增的cp DNA引物序列》

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《青藏高原地区山生柳遗传多样性研究》


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选取改良的CTAB法从干燥处理的山生柳嫩叶中提取基因组DNA(Porebski et al.,1997)。参照序列选取已上传到NCBI上的Salix arbutifolia、S.babylonica、S.interior、S.oreinoma、S.purpurea、S.suchowensis和S.tetrasperma等柳属植物叶绿体基因组序列,引物片段的选取参考之前的研究(Hamilton,1999;Scarcelli et al.,2011;Shaw et al.,2005),用软件Primer Premier 5.0(Singh et al.,1998)、BioXM 2.6(黄骥和张红生,2004)和SnapGene 3.2.1(McKeone et al.,2014)进行引物设计,共设计了21对引物用于PCR扩增。扩增反应体系为25μL:2.5μL的10×PCR Buffer(含1.5mmol·L-1MgCl2)、0.5μL的10 mmol·L-1dNTP、正反引物各0.5μL(10 pmol·L-1)、1个单位的Taq DNA酶(TaKaRa,大连)、15~50 ng的模板DNA,去离子水补齐到25μL。PCR反应扩增程序:94℃预变性3 min;94℃变性45 s;60℃退火45 s;72℃延伸30 s;35个循环;72℃延伸5 min;4℃保存。PCR反应产物送至生物工程(上海)股份有限公司测序。将获得21对引物在12个居群24个个体中进行PCR扩增预试验,筛选出获得两对遗传多态性较高的引物[5'trnG2G-3'trnG(UUC)和5'rpS12-rpL20]用于所有个体的扩增测序(表2)。