《表2 Emh ABC不同组件同源蛋白》

《表2 Emh ABC不同组件同源蛋白》   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
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《荧光假单胞菌2P24中RstA蛋白的功能鉴定》


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采用Cofitness Browser Database数据平台对EmhABC的共适应蛋白进行预测分析。分别对荧光假单胞菌外排泵EmhABC不同组件EmhA、EmhB、EmhC在该数据库中BLAST后,选择匹配度高且注释显示同为RND外排泵家族的Pf6N2E2_2823(98.1%identity)、Pf6N2E2_2824(98.9%)、Pf6N2E2_2825(99.4%)作为emhABC的功能同源蛋白[11](表2),分别预测其共适应蛋白后结果显示:Pf6N2E2_2823、Pf6N2E2_2824、Pf6N2E2_2825三者之间互为最强共适应关系,Cofitness值及Conserved值均大于0.9;同时,三者共适应物列表中均可见Pf6N2E2_463(注释为转录因子蛋白RstA),共适应强度排名分别为9#、9#、11#(图1-A),Cofitness值分别为0.5、0.53、0.53,且Conserved值均大于0.6。同时在Pf6N2E2_463共适应物列表中Pf6N2E2_2823、Pf6N2E2_2824、Pf6N2E2_2825分别位于列表的11#、7#、8#位,Cofitness值及Conserved值同上。对比Pf6N2E2_463与Pf6N2E2_2823、Pf6N2E2_2824、Pf6N2E2_2825在多种生长条件的适应度(Fitness)数据,发现它们的基因缺失突变株对多种有害物质胁迫环境的适应度下降,其中夫西地酸、四环素、洛美沙星、壮观霉素及氯霉素等是它们有着共同适应度改变的胁迫条件,Fitness值均在-1--6之间(图1-B)。