《表1 西红花MADS-box转录因子蛋白完整性及功能域预测》

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《西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析》

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在NCBI的GenBank西红花数据库中，使用西红花的拉丁名Crocus sativus进行搜索，发现已报道的转录组数据中，有20个注释为MADS-box基因的Unigene，首先使用软件Vector NTI Advance 11.5对个别基因序列进行简单分析，综合Blastx结果确认基因序列的完整性，同时下载20条对应的氨基酸序列，再利用软件中的Alignment功能分别对20个候选MADS-box基因序列同氨基酸序列进行比对，结果表明其中有3个候选基因序列或编码的氨基酸完全重复，其余17个候选转录因子作为重点研究对象（AAQ16199.1，AAQ16200.1，AAQ16201.1，AAY246-91.1，AAY24692.1，ABB22777.1，ABB22778.1，ABB-22779.1，ABB22781.1，ABK35281.1，ABK35282.1，A-CB69509.1，ACB69510.1，ACB69511.1，ACB69512.1，AHH41528.1，AHH41529.1），将其编号为Cs MAD-S01～Cs MADS17。利用功能域预测软件SMART对MADS-box家族的功能域进行验证（表1），发现17条序列均含有有完整的MADS-box功能域和完整的MADS蛋白序列。