《表2 西红花MADS-box家族成员理化性质分析》

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《西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析》

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使用ProtParam在线工具对获得的17条完整的西红花MADS-box氨基酸序列进行理化性质分析（表2），结果显示，这17个蛋白的氨基酸残基数（amino acids，aa）基本一致，在210～250 aa之间，分子量为26.46 kD左右，西红花MADS-box蛋白均显碱性，理论等电点（pI）介于8.69～9.54之间，其中CsMADS03（AAQ16201.1）的pI值最大，为9.54。而17个蛋白的碱性氨基酸残基比例均高于所含酸性氨基酸比例，酸碱氨基酸比例与理论等电点对应，进一步表明所有西红花MADS-box编码的蛋白均为碱性蛋白。同时对这些西红花MADS-box氨基酸序列的氨基酸组成成分也进行了细致的分析（表3），发现17个西红花MADS-box蛋白共有的主要氨基酸为亮氨酸（Leu）、谷氨酸（Glu）、谷氨酰胺（Gln）、精氨酸（Arg）、赖氨酸（Lys）、丝氨酸（Ser），且含量最丰富，其中亮氨酸是各转录因子中含量最高的氨基酸（CsMADS08，Cs MADS09除外）。在Cs MADS08和CsMADS09中，谷氨酸（Glu）作为所占比例最大的氨基酸，在两个蛋白中分别占11.4%和11.9%，含量紧接其后的是亮氨酸（Leu）和赖氨酸（Lys）。在蛋白稳定性方面，Cs MADS04（AAY24691.1）、Cs MADS05（AAY-24692.1）显示为较稳定的蛋白，不稳定系数均小于40，分别为36.30和37.39，其余15个蛋白均表现为不稳定蛋白，不稳定系数大于40。而脂肪系数作为蛋白亲疏水性的一个指征，大于100则表现为疏水蛋白，反之为亲水蛋白。而分析结果表明，17个西红花MADS-box蛋白均表现为亲水蛋白。