《表1 石榴NAC基因家族成员理化性质和亚细胞定位分析》

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《石榴NAC转录因子家族的生物信息学分析》


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注:1:序列编号;2:基因名称;3:蛋白质长度(aa);4:分子量(k D);5:等电点;6:总平均亲水性;7:脂肪族氨基酸指数;8:不稳定系数;9:细胞定位

利用Perl脚本从石榴基因组数据库中共获得92个NAC候选基因,综合Pfam数据库、Batch Web CD-Search Tool和SMART在线软件分析结果,将不含有NAC保守结构域或结构域不完整的序列去除,最终鉴定出73个石榴NAC基因,分别命名为Pg NAC1~Pg NAC73。通过Ex PASy在线工具,对石榴NAC基因家族进行理化性质分析。结果表明,石榴NAC基因家族氨基酸长度为149 aa (Pg NAC54)~746 aa (Pg NAC26)不等;蛋白分子质量为17.64 k D(Pg NAC54)~84 KD (Pg NAC26),其等电点(isoelectric point,p I)范围为4.62~9.91不等,其中23个蛋白等电点小于7,偏酸性,其余50个Pg NAC蛋白p I大于7,偏碱性。Pg NAC蛋白的不稳定系数介于17.23~72.7之间,脂肪族氨基酸指数在49.49~82.05之间,GRAVY值在-0.406~-1.091范围内变化,蛋白质的疏水性均小于0,表明Pg NAC蛋白均为亲水性蛋白。石榴NAC蛋白家族的亚细胞定位分析表明,73个Pg NAC蛋白定位在细胞核中,因此推测Pg NAC主要在细胞核内发挥功能(表1)。