《表1 谷子AMT基因家族成员理化性质》

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《谷子AMT基因家族的鉴定及生物信息学分析》

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利用拟南芥AMT基因的氨基酸序列运用HM-MER以及Blast P程序共获得9个谷子AMT基因，分别命名为Si1g19720.1、Si5g37060.1、Si9g09400.1、Si1g24430.1、Si9g02830.1、Si5g37070.1、Si7g17570.1、Si3g20620.1、Si5g39610.1。序列分析表明，它们的编码长度为465～504个氨基酸，基因编码区长度为1 236～1 512 bp，等电点在6.24～8.82，大部分在7左右，有2个基因的等电点大于8；脂溶系数表明，Si1g19720.1、Si5g37060.1、Si9g09400.1、Si5g37070.1以及Si3g20620.1的脂溶系数均大于100，为亲水性蛋白，其他4个基因的脂溶系数均小于100，为疏水性脂溶蛋白；不稳定系数分析表明，9个AMT基因的不稳定系数均小于40，为稳定性蛋白。谷子中9个AMT基因分布于5条染色体上，分别分布在1H、3H、5H、7H、9H染色体上。其中，位于5号染色体上的基因最多，为3条，且3个基因在染色体上的位置相对集中。其次是1号和9号染色体，分别含有2个基因。其余2条染色体各含有1个基因（表1）。尽管大多数SiAMT基因在xiaomi染色体上间隔良好，但也有一些可能潜在的串联重复序列，例如Si5g37070.1和Si5g37060.1，位于同一染色体中，所在距离较近，为了验证是否串联，对其进行序列比对，结果如图1所示，其同源性为87%，说明2个基因的蛋白质序列高度同源。通过对谷子AMT基因家族进行亚细胞定位以及跨膜结构域分析，结果表明，基因Si1g19720.1与Si9g09400.1定位在类囊体膜上，其他基因分布在质膜上，基因Si1g24430.1含有10个跨膜结构域，其余基因含有11个跨膜结构域（表1），这与AMT基因家族含有11个跨膜结构域相一致。