《表1 向日葵Hsp70基因家族成员所编码蛋白的理化性质》
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《向日葵Hsp70基因家族成员的全基因组鉴定与生物信息学分析》
注:E:内质网;C:细胞质;Ch:叶绿体;M:线粒体;N:无
使用Hsp70种子文件PF00012进行BlastP同源性搜索,共得到103个Hsp70基因家族成员,其编码区长度分别在63~1 267个氨基酸之间(表1)。其中以HaHsp70-28编码的蛋白序列(OTG32169)最长,为1 267个氨基酸;而HaHsp70-69所编码的蛋白质序列(OTF95125)最短,仅有63个氨基酸。基因分子量的变化与Hsp70氨基酸长度的变化基本相对应,含有最大分子量是HaHsp70-28(OTG32169),达到了140 012.89 kD;而最小分子量的是HaHsp70-69(OTF-95125),为6 966.27 kD。等电点的变化范围相对来说比较小,大多数的Hsp70蛋白等电点均分布在5~10之间(表1),其中具有最高等电点的是HaHsp70-18(OTF96984),达到了9.64,HaHsp70-89(OTG11656)等电点最低,仅有4.50。全部成员的总平均亲水性多数为负值,即绝大部分为疏水蛋白,且数值变化范围不大,其中仅有8个基因的总平均亲水性为正值,即为亲水蛋白,它们分别是HaHsp70-3(OTG16602)、HaHsp-70-9(OTF92421)、HaHsp70-48(OTF88157)、HaHsp70-49(OTF88126)、HaHsp70-66(OTF95124)、HaHsp70-69(OTF95125)、HaHsp70-75(OTF94608)以及HaH-sp70-90(OTG11657)。这些家族成员的亚细胞定位,位于细胞质的蛋白最多,有46个;其次是内质网,有31个;而叶绿体和线粒体较少,均各有5个,此外,还有16个基因没有确定亚细胞定位(表1)。
图表编号 | XD0087061700 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.09.28 |
作者 | 逄洪波、潘英杰、李嘉琦、李玥莹、金明、高秋 |
绘制单位 | 沈阳师范大学生命科学学院、沈阳师范大学生命科学学院、沈阳师范大学生命科学学院、沈阳师范大学生命科学学院、沈阳师范大学生命科学学院、农业部全国草业产品质量监督检验测试中心 |
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