《表1 木薯C2H2型锌指蛋白家族成员的理化性质》

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《木薯C2H2型锌指蛋白转录因子家族全基因组鉴定及表达分析》

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C2H2型锌指蛋白转录因子具有多种生物学功能，不仅可以与DNA、RNA相互作用，还可以与蛋白相互作用（Englbrecht等2004），参与植物的生长发育过程，包括叶的发生（Moreau等2018）、花器官的形成发育（Lyu等2020）、种子萌发、纤维发育（Salih等2019）、小穗发育（Zhuang等2020）、生物与非生物胁迫响应和激素的信号转导（Faraji等2018）。至今为止，在很多物种中已经鉴定分析了C2H2锌指转录因子，比如矮牵牛（Kubo等1998）、拟南芥（Englbrecht等2004）、水稻（Agarwal等2007）、杨树（Liu等2015）、番茄（Weng等2015）、大豆（Li等2018）、马铃薯（Liu等2020）和甘蓝（Lyu等2020）等，但没有在木薯中见过相关报道。本研究利用生物信息学手段，从木薯基因组中鉴定了85条C2H2锌指蛋白转录因子家族成员，来自80个C2H2锌指基因。对该家族各成员的基因结构和保守结构域分析表明（图1和2），每个成员都包含至少一个C2H2锌指结构域，存在植物特有的QALGGH基序（Zhang等2016b），该基序是C2H2转录因子蛋白结合DNA分子的重要基序，在响应环境变化过程发挥重要作用（Agarwal等2007；Kam等2008；Liu等2015）。构建了木薯C2H2锌指蛋白系统发育进化树（图3），并且将其分为6个亚家族，每个亚家族间序列、结构域类型及C2H2型结构域的数量都较为一致（表1），表明C2H2型锌指蛋白在进化中高度保守。然而在拟南芥、水稻、玉米和木薯等不同物种中C2H2型锌指蛋白存在一定差异，进化程度不同，因此可能行使不同的功能。