《表1 芝麻COXⅦa蛋白序列在近缘植物中的同源蛋白序列信息》

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《芝麻COX Ⅶa基因克隆、表达与序列特征分析》

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提取不同组织样品的总RNA，电泳检测结果表明（图1），所提样品的总RNA 28S、18S和5S条带清晰可见，质量较高，经进一步检测，各样品的OD260/280均在1.85～2.00之间，表明各样品总RNA纯度和完整度均较好，满足进一步实验要求（图1A）。考虑到目标基因表达的时空差异，将不同组织部位的RNA反转录获得的cDNA第一链等体积混合，作为RT-PCR模板进行扩增，结果扩增出2条目标条带（图1B），对目标条带进行胶回收、载体连接和转化培养等，测序后表明，2条序列长度分别为481 bp和416 bp，分别与序列XM＿011091710.2和XM＿011090555.2在匹配区完全一致（表1），且编码区翻译的氨基酸长度均为67 aa。以翻译的氨基酸序列为种子序列对NCBI非冗余蛋白质数据库进行同源比对，获得其在其它被子植物中假定的COXⅦa蛋白质序列（表1），表明这些同源序列与其序列一致性较高（66%～100%）。因此，推测克隆产物可能是芝麻COXⅦa基因，分别命名为SiCOXⅦa1和SiCOXⅦa2，其翻译的蛋白质序列为芝麻SiCOXⅦa1和SiCOXⅦa2。这些同源序列长度品种间存在一定差异，最短67 aa（芝麻，大豆和榴莲），最长118 aa（向日葵），这些同源蛋白序列均注释为假定蛋白。通过对其保守域进行确定，均符合真核生物COXⅦa亚基的序列特征。这些同源序列与克隆的芝麻SiCOXⅦa1蛋白序列相似性均达到了81%以上，总体上非常保守，均属于COXⅦa超级家族成员。