《表2 本研究中筛选出来的8种分子标记技术单引物及转座子克隆扩增引物对》

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《用于克隆及分子标记分析的甘蔗高质量基因组DNA提取方法》

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为了验证本研究中采用的四种改良CTAB法所提取出来的甘蔗基因组DNA的质量，本研究利用8种基于单引物扩增反应的分子标记技术对其进行扩增验证，具体使用了3条RAPD技术单引物、5条ISSR技术单引物、10条BPS技术单引物、4条DAMD技术单引物、7条URP技术单引物、3条SCoT技术单引物、38条iPBS技术单引物和8条CBDP技术单引物，最终从中筛选出扩增效果较好的单引物（表2），其序列信息见主要参考文献（Williams et al.，1990；Z-ietkiewicz et al.，1994；Kang et al.，2002；Collard and Mackill，2009；Kalendar et al.，2010；Xiong et al.，2011；2013；Singh et al.，2014），引物送至上海生工生物工程技术服务有限公司进行合成。PCR扩增反应体系同转座子同源克隆扩增验证体系操作一致。RAPD、ISSR、BPS、DAMD、URP、SCoT和CBDP技术的PCR扩增反应程序采用统一标准程序，除了引物退火温度不同（RAPD技术和BPS技术的单引物退火温度设置为40℃，iPBS技术的单引物退火温度设置为45℃，其它几种分子标记技术的单引物退火温度都设置为50℃），PCR扩增反应程序为:在94℃下预变性4 min；在94℃下变性30 s，在适合温度下引物退火1 min，在72℃下延伸90 s，共35次循环，最后再在72℃下延伸10 min。最后的PCR产物分离与转座子同源克隆扩增验证的产物分离相同。