《表2 生物信息学分析网站》

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《鹅掌楸LcKNOX3转录因子基因全长克隆及组织表达特异性分析》

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在NCBI ORF finder网站上在线预测LcKNOX3基因的开放阅读框，并翻译成氨基酸序列。将得到的开放阅读框（ORF）序列通过TAIR拟南芥资源信息网站上与拟南芥基因进行比对，在TAIR上下载拟南芥有报道的7个KNOX基因家族编码的氨基酸序列，使用DNAMAN软件进行序列比对。在NCBI conserved domain中预测LcKNOX3蛋白的保守结构域，利用Protparam对LcKNOX3蛋白一级理化性质进行预测，根据predict protein在线预测LcKNOX3编码各种氨基酸所占比例。采用SignalP程序对LcKNOX3基因进行蛋白质信号肽分析。通过登录SOPMA网站预测分析LcKNOX3蛋白的二级结构；使用Phyre2工具进一步预测蛋白三级结构并建模。将LcKNOX3基因编码氨基酸序列在NCBI数据库中进行blastp比对，下载blast分值较高的几个物种的氨基酸序列，利用MEGA 6.0进行多序列比对（Tamura et al.，2013），分支使用邻接法500次bootstrap检验的自引导值，构建系统进化树。文中分析所用网站网址及描述已统计（表2）。