《表1 Cm WRKYs的q RT-PCR引物》
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《甜瓜WRKY基因家族鉴定及其响应低温胁迫的表达分析》
采用Trizol试剂(TIANGEN,北京)提取甜瓜叶片总RNA。采用反转录试剂盒(Ta Ka Ra,大连)合成c DNA。根据Cm WRKYs基因进化分析结果,选取各亚组中部分同源WRKY基因进行低温胁迫诱导表达分析。利用Primer Primer 5.0设计Cm WRKYs及内参基因(β-actin,Gene Bank No.AY859055)的特异性引物(表1)。引物由上海生工生物股份有限公司合成。PCR反应体系:10μL SYBR Green Master mix (2×),10μmol/L上下游引物各0.8μL,c DNA模板2μL,dd H2O 6.4μL。PCR反应程序:95℃预变性30 s;95℃5 s,60℃30 s,50个循环。以0 h对照组的表达量为总对照,计算对照组和处理组在3和24 h的基因相对表达量,计算方法采用2-??Ct方法(Livak,Schmittgen,2001),计算结果以log2(相对表达量+1)公式转换。利用R-3.6.0软件中的pheatmap包对26个基因的q RT-PCR结果进行热图绘制;对于其中11个上调表达程度较高的基因,利用R-3.6.0软件中的方差齐性检验(Levene test)、方差分析(aov函数)以及均值多重比较(Tur‐key's honestly significant difference (HSD)和Fish‐er's least significant difference (LSD))进行差异显著性分析和标记,最后用ggplot2包进行柱状图展示。
图表编号 | XD00224412400 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.10.25 |
作者 | 张高原、魏兵强 |
绘制单位 | 甘肃农业大学园艺学院、甘肃农业大学园艺学院 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |