《表2 动力学模拟过程中抑制剂与关键残基形成的氢键》

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《抑制剂8Q9和8QC与bromodomain结构域蛋白4作用机理的分子动力学研究》

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a氢键形成的标准为:受体与供体间距离为<3.5，供体-氢原子与受体间的夹角>120°.b占有率用来评估氢键的稳定性和强度.

基于残基的自由能分解的分析可以阐明单个残基在抑制剂结合中的作用．为了进一步了解各个分离残基与抑制剂的结合，将两个抑制剂与BRD4（1）复合体的总结合自由能分解为每个残基的贡献（图5），并且采用Amber18中的CPPTRAJ模块分析了抑制剂与BRD4（1）的氢键相互作用（表2）．图6和图7采用动力学模拟轨迹生成的最低能级结构，描绘了关键残基相对于抑制剂的几何位置．