《表1 底物周围的氢键以及该氢键在所有3个模拟过程中提取的5 000帧快照中的存在率》

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《Cel48F产物排出过程中酶-底物相互作用及关键残基的分子动力学模拟》

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（1） 氢键相互作用.对A、B、C三个模拟，在其构象平衡阶段随机选取10个快照截图，使用GROMACS程序对底物和蛋白间氢键进行自动搜索，程序默认氢键范围为X…H…Y，键角大于120°，并且2个重原子X与Y之间距离小于等于0.35nm.所有3个模拟的全部30个截图中存在的氢键列于表1中，其中一些较重要的氢键在A构象中与底物关系如图2所示.对于表1中的氢键，在3种构象中各自截取5 000个快照截图，并分别统计表1中的氢键在所有5 000个快照截图中存在的比例，也列于表1中.