《表2 本研究用于同源性分析的毒株信息》

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《浙江省首次分离基孔肯雅病毒全基因序列特征分析》

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注:阿尼昂尼昂病毒（ONNV）作为进化分析的外群毒株。

从GenBank数据库中下载12株基孔肯雅病毒的全基因组序列（表2），通过Mega 5.0软件对CHIKV-JC2012株测序结果进行系统进化分析，并采用RDP3及SimPlot3.5.1基因重组分析软件进行重组分析[8]。同时通过BLAST比对基因组各片段序列同源性，根据与其他基孔肯雅病毒相应序列的同源程度分析其重组。