《表2 SNPs和In Dels的统计》

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《基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析》


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通过哈迪温伯格检测(HWE)>0.001、次等位基因频率(MAF)≥0.05过滤,并舍去低质量的变异位点后,仅保留了9443个高质量的变异位点(7946个SNPs和1997个In Dels)用于后续分析。其中,3287个SNPs和In Dels位于基因间隔区,4005个SNPs和In Dels位于基因上游区,471个SNPs和In Dels位于基因下游区,2个SNPs和In Dels位于5?端UTR。845个SNPs和In Dels属于错义突变,745个SNPs和In Dels属于同义突变,417个SNPs和In Dels属于移码突变,另有171个SNPs和In Dels属于其他类型突变(表2)。