《表3 SNPs数量和不同类型的SNP变异数量统计》

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《水稻杂种劣势相关亲本的全基因组重测序及其遗传变异分析》

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为了揭示杂种劣势相关的3个亲本品种CH7、CH8和CH9以及对照品种‘Liyu B’在基因组水平的单核苷酸变异信息，本研究使用VarScan软件检测了各个材料的SNP变异位点并进行统计分析（表3）。‘Liyu B’共获得了475 001个SNP变异位点，其中碱基转换（transition，Ti）的发生频率是碱基颠换（transversion，Tv）的2.25倍；同样在CH7、CH8和CH9基因组中检测到的碱基转换频率明显高于颠换频率，其分别为2.27倍、2.36倍和2.36倍。对各个材料SNP的合子型统计结果表明，对照品种‘Liyu B’和杂种劣势相关的3个粳稻品种CH7、CH8、CH9的杂合型SNP占比相差并不是很大，其中CH8基因组中的杂合型SNP占比相对最小，为18.55%；CH7基因组中的杂合型SNP占比相对最大，为25.01%。